非正常离职工资是否被扣需结合具体情况判断。
非正常离职工资可能被合理扣减，但需符合法律规定。
1. 若存在员工未提前30日书面通知离职（试用期未提前3日）的情况：用人单位可主张因员工突然离职造成的直接经济损失（如紧急招聘替代人员的费用、未完成工作交接导致的业务损失等），从工资中扣除对应金额，但扣除后工资不得低于当地最低工资标准。
2. 若存在员工未完成工作交接的情况：用人单位可暂不支付工资，待员工完成交接后再结清，但不得以此为由长期拖欠或无故克扣。
3. 若存在员工因用人单位违法行为（如拖欠工资、未缴社保）被迫离职的情况：即使离职流程“非正常”，用人单位也不得扣减工资，还需支付经济补偿金。
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针对非正常离职工资的法律依据，主要源于《劳动合同法》的相关规定。
根据《中华人民共和国劳动合同法（2012年修正）》第三十条：“用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。”
结合问题，非正常离职时，若员工已提供劳动，用人单位需按约定支付对应劳动报酬；若用人单位以“非正常离职”为由扣减工资，需证明扣减依据合法（如劳动合同约定、规章制度明确）且扣减金额未超出合理范围（如未低于最低工资标准、未超过实际损失）。若用人单位无合法依据扣减，即违反该条款，员工可通过支付令或仲裁主张权利。
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非正常离职工资的处理，可能因特殊情况而发生变化。
1. 用人单位未签订书面劳动合同：若员工未签订劳动合同非正常离职，用人单位可能否认劳动关系，拒绝支付工资。此时员工需先通过考勤记录、工作群聊天记录、工资转账记录证明劳动关系，才能进一步主张工资，处理流程更复杂。
2. 员工因紧急情况（如直系亲属重病）非正常离职：若员工能提供紧急情况的证明（如医院诊断书、亲属关系证明），即使未提前30日通知，用人单位也不得随意扣减工资，需优先考虑员工的实际困难，协商解决工资结算问题。
3. 用人单位规章制度未依法公示：若用人单位以“违反规章制度扣减工资”为由处理非正常离职员工，但该规章制度未通过员工手册发放、会议培训或内部系统公示等方式告知员工，该扣减依据不合法，员工可主张全额支付工资。
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非正常离职工资争议中，存在一些易被忽视的法律风险点。
1. 诉讼时效风险：劳动争议申请仲裁的时效为1年，从员工知道或应当知道工资被克扣之日起计算。例如：员工2023年5月非正常离职，用人单位扣发4月工资，若员工2024年6月才申请仲裁，已超过时效，仲裁委可能驳回申请，无法通过法律途径追回工资。
2. 证据链断裂风险：部分员工仅保留工资条，未保存考勤记录或工作成果证明，若用人单位主张“员工未实际提供劳动”，员工无法证明自己的工作时长，导致应发工资金额无法认定。例如：员工非正常离职后，用人单位称其最后半个月未上班，员工因无考勤记录（如指纹打卡、钉钉记录），无法反驳，最终只能按用人单位主张的金额结算。

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